Budovat zahradní jezírka je věc jedna, ale další a důležitou věcí je udržet vodu v jezírku čistou. Bez potřebné techniky jako je jezírková filtrace to půjde stěží a po čase se i samočisticí schopnost jezírka, potažmo jeho rostlinných zón snižuje a řasy v jezírku se jen tak nezbavíme. Zvláště chcete-li v jezírku chovat ryby, zvláště pak KOI, či jesetery, kteří jsou na čistotu a kvalitu vody nároční. Navíc zbytky krmiva a výkaly vodu znečišťují, na dně jezírka se usazuje kal a bez potřebné techniky se rybám v zahradním jezírku dařit nebude. Na trhu je celá řada čerpadel, filtrů a jiných „pomůcek“, díky kterým snadněji udržíte vodu v zahradním jezírku čistou. Filtrace v jezírku může a je rozdělena na několik částí. V první řadě mluvíme o tzv. filtraci mechanické. Tato filtrace má za úkol odstranit z jezírka pevné části odpadu, jako jsou např. zbytky rostlin, krmiv, nebo výkaly. V současné době se, zvláště u větších zahradních jezírek s gravitační filtrační jednotkou, nejčastěji používá tzv. štěrbinový filtr. Voda z jezírka protéká přes tento velmi hustý filtr , kde se již zmíněné pevné částice zachytávají. To je první stupeň filtrace vody z jezírka. Následuje biologické čištění. Takové čištění spočívá v tom, že po celém povrchu filtračních médií, což jsou různé kartáče, molitan apod. žijí bakterie, které odbourávají organické látky z jezírka a přeměňují dusičnany na plynné látky, které následně unikají do vzduchu – což je velmi zjednodušeně řečeno. Odborně řečeno jedná se o nitrifikační a denitrifikační proces. Je to sice složitá chemická rovnice a proces, ale odborníci na stavbu zahradních jezírek vědí, jak takovýto filtr postavit, aby filtrace v jezírku byla účinná. Pro menší zahradní jezírka jsou na trhu vhodné tlakové filtry, které jsou již vybaveny účinnými filtračními médii, skrz které protéká voda a již vyčištěná se vrací zpět do jezírka. Tlakový filtr se prodává většinou v setu již s čerpadlem. U tlakového zapojení filtru se čerpadlo umístí na dno jezírka, odkud je voda pod tlakem vedena do filtru, který je umístěný výš, než je hladina jezírka. Z takto umístěného filtru můžete vést potůček, nebo malý vodopád, přes které se z filtru bude voda vracet zpět do jezírka. Budete tak mít i příjemnou zvukovou kulisu zurčení vody. Taková filtrace má výhodu, že budete mít snadný přístup k filtru při jeho případném čištění. Filtr lze zhruba do 2/3 zakopat do země, můžete jej skrýt za výsadbou rostlin, kterou máte kolem jezírka apod. Další součástí filtrace jezírka jsou čerpadla. Pokud nejsou součástí nějakého setu, který je již vyroben na určitý objem jezírka, zakoupíte čerpadla samostatně. Výkon čerpadel pro zahradní jezírka se pohybuje již od 500l/hod až po 25000l/hod. Vždy je důležité znát objem jezírka a dle něj pořídit jezírková čerpadla.Jeho výkon by měl být cca 1/3 objemu jezírka. To platí v případě, že čerpadlo bude sloužit „jen“ pro přečerpání vody z jezírka do filtru. Pokud budete chtít čerpadlo pro pohon potůčku, musíte počítat s určitým převýšením od hladiny jezírka k ústí potůčku. V takovémto případě volte čerpadlo s vyšším výkonem, aby bylo zajištěno dostatečné zásobení potůčku vodou, Dalším doplňkem při filtraci zahradních jezírek jsou UV zářiče. Díky nim můžeme docílit v jezírku křišťálově čisté vody s viditelností až na dno, což ocení zejména chovatelé ryb, zejména KOI. UV lampy mohou být součástí již výše zmíněných malých filtrů určených do menších jezírek, nebo se dají zakoupit jako samostatné doplňky a připojit k filtraci. Jak již bylo řečeno o UV lampy likvidují jednobuněčné řasy a zárodky a to tím, že voda z jezírka, která protéká trubicí je ozářena ultrafialovým zářením, jež zabíjí všechny tyto mikroskopické zárodky řas. Navíc není nutné, ba ani žádoucí, aby UV zářiče na rozdíl od filtrace byly v provozu nepřetržitě 24 hod.